色譜柱可分正相模式色譜柱、反相模式色譜柱和親水模式柱：

正相模式色譜柱：采用極性固定相（如乙二醇、氨基與腈基等鍵合相）；常用于分離中等極性和極性較強的化合物（如酚類、胺類、羰基類及氨基酸類等）。

反相模式色譜柱：一般用非極性固定相，以硅膠為基質鍵合不同的基團（如Ｃ１８、Ｃ８）；適用于分離非極性和極性較弱的化合物。反相色譜（ＲＰＣ）在現代液相色譜中應用最多，據統(tǒng)計它占整個ＨＰＬＣ應用的８０％左右。由于超臨界色譜的崛起，一些過去用正相色譜的實驗逐漸被超臨界色譜所代替，所以反相色譜柱的應用將會更加廣泛。隨著色譜柱填料的快速發(fā)展，某些無機樣品或易解離樣品的分析也可用反相色譜法。為控制樣品在分析過程的解離，常用緩沖鹽控制流動相的ｐＨ 值。硅膠基質鍵合相（Ｃ８和Ｃ１８）色譜柱使用的ｐＨ 值通常為２．５～７．５（２～８），太高的ｐＨ 值會使硅膠溶解，太低的ｐＨ 值會使鍵合的烷基脫落。近年來技術的更新，利用包被、空間位阻、雜化顆粒等新技術，已經可以使硅膠基質的色譜柱使用范圍擴大到ｐＨ 為１～１２，流動相為較強酸性或堿性時，可選擇寬ｐＨ 值的色譜柱。

親水（ＨＩＬＩＣ）模式：ＨＩＬＩＣ不同于反相色譜技術，流動相為反相色譜的流動相，它提供了相對于反相的互補選擇性，通?？杀Ａ魝鹘y(tǒng)反相色譜方法無法保留的高極性化合物。需要注意的是ＨＩＬＩＣ模式中硅膠基質無鍵合相的色譜柱，流動相ｐＨ 適用范圍。

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